引起灵芝真菌病害的主要原因有：灭菌不彻底，培养基中的杂菌没有被杀死。培养周围环境的不卫生，杂菌过多。培养或装代过程中不按操作规程，为杂菌滋生提供场所等。
灵芝从制种到栽培都有杂菌的为害。要注意周围环境的卫生，杜绝侵染的机会。在灵芝栽培过程中，如果发生绿霉、曲霉等杂菌，应及时通风，降低栽培场地的温度，控制在25℃以下。同时，用石灰水涂擦患处，抑制绿霉菌生长。适当降低空气中的相对湿度，有利于抑制霉菌生长。生产灵芝菌种时，培养料必须彻底消毒灭菌，灵芝接种时，要严格按照无菌操作规程进行，发现污染，及时处理。
