第一，可通过暴晒进行土壤消毒。晾晒中可喷洒一遍50%多菌灵可湿性粉剂或65%代森锌可湿性粉剂500~600倍液，加50%辛硫磷乳油或40%氧化乐果乳油1000倍液，随喷洒随翻拌，杀虫灭菌更好。
第二，可通过药剂进行土壤消毒。
①石灰粉：在翻耕后的土地上，按每平方米30~40克的剂量撒入石灰粉进行消毒；或每立方米培养土中施入石灰粉90~120克，充分拌匀。用石灰粉进行土壤消毒，既可杀虫灭菌，又能中和土壤的酸性，因此，多在南方针叶腐殖质土中使用。
②多菌灵：多菌灵能防治金线莲多种真菌病害，对子囊菌和半知菌引起的病害效果很明显。土壤消毒用50%可湿性粉剂，每平方米施用1.5克，可防治根腐病、茎腐病、叶枯病、灰斑病等，也可按1：20的比例配制成毒土撒在苗床上，能有效防治苗期病害。
③甲霜灵、代森锰锌：每平方米苗床用25%甲霜灵可湿性粉剂9克，加70%代森锰锌可湿性粉剂10克对细土4~5kg拌匀，用其1/3撒在种子下面，即撒即播种，播种后用剩下的2/3盖在种子上面。