天麻从播种后到第三年开春，当春季气温、地温升高时，具有顶芽的天麻块茎（箭麻），顶芽很快处于直立状态。头年冬季发育形成的花原基开始萌动伸长，并开始一系列的发育活动，形成花茎。 天麻花茎伸长的时间和速度，随产地类型和海拔高度的不同而有差异。一般情况下，当5月下旬平均气温15℃时，天麻地上茎开始出土；6月平均气温20℃时，茎秆迅速伸长，每天可伸长5~10cm;7月中旬气温升高到25℃时，茎秆的伸长停止，7月下旬大部分倒苗。天麻从出土到倒苗只有50~70天。
天麻为两性花。花药在合蕊柱的顶端，雄蕊柱头在合蕊柱下部，花粉粒之间有胞间联丝相连，花粉呈块状不易分开。在自然界天麻是靠滑胸泥蜂来授粉，自花和异花均可授粉结实。而在野外花朵结实率仅有20%。人工栽培时，要获得更多更好的种子，必须进行人工授粉，这样结实率可在98％以上，并且天麻果实饱满，种子优质，收量大增。1天内开花的时间由于气候不同而有一定的差异。在湖北利川，夏季温度较低，湿度大，在中午12时气温升高到25℃、相对湿度约50％时，花开最多。而北京夏季温度高，湿度小，在上午10-12时、夜间2-4时，相对湿度较高、温度在20~30℃时开花比较集中，出现两个开花高峰。一般在开花前1天和开花后3天内人工授粉，结实率均可达到满意的效果，超过花后第四天授粉结实率较低。天麻授粉后，花逐渐凋谢，果实逐渐膨大。经15~20d后果实内种子就可完全成熟。果实将要开裂时是最佳采种时期。种子的成熟可分为3个阶段，各阶段均可发芽，但发芽率大不相同。
1、嫩果种子：果实表面有光泽，纵沟凹陷不明显，手捏果实较软，剥开果皮部分种子呈粉末散落，有的种子呈团状，不易抖出。种子白色。其最终发芽率虽可达70%，但前期发芽率低，发芽势不整齐。
2、将裂果种子：果实表面团色较暗，失去光泽，有明显凹陷的纵沟，但果实未开型，手捏果实质软，剥开果皮种子易散落。种子呈浅黄色。发芽率可达65%。此时是收获的最佳时期。
3、裂果种子：果实纵沟已裂开，稍有摇动种子就会飞散。种子呈蜜黄色。发芽率降到10％左右。
种子收获以后应该立即与萌发菌菌丝体培养物混合均匀，进行培养，使天麻种子萌发成为原球茎。收获的麻种子不要晒干保存，也不要放入冰箱内保存，否则种子的萌发率会直线下降、甚至不萌发。 天麻从种子播种到再结种子，要经历3个年头（2个整年）的时间，才完成整个生命活动的1个周期。