天麻球茎变褐腐烂病的病原菌是黄瓜灰霉病菌。分类学地位属于：真菌界，子囊菌门，盘菌亚门，锤舌菌纲，锤舌菌亚纲，柔膜菌目，盘核菌科。
天麻褐腐菌危害症状：受害初期表面形成灰褐色，中部下陷的圆形病斑，病斑可多个愈合成不规则褐色大斑块。球茎内部腐烂成白色乳浆状物，但表皮仍然保留。当湿度大时，病球茎表面长出灰白色菌丝，并形成菜籽大小的黑色菌核，菌核周围有菌丝缠绕，附着在病麻表面，容易剥离。
天麻褐腐菌防治方法：
1、严格选择栽培地。选地要适当，若地势低洼，土质黏重，通透性不良，易发生块茎腐烂病。
2、严格挑选种麻和菌种。在选种时，如发现有腐烂的种麻，即使腐烂点很小也不能用；有杂菌的菌种不能使用。切忌将带病种麻栽入栽培床中。
3、严格对培养土及填充物的处理。选干净、无杂菌的腐殖质土、树叶、锯木屑等疏松填充物，使用前最好要进行堆积、消毒、晾晒，栽培时要填满空隙，不宜压实，不要漏填，要使天麻播后营养充足，生长良好。
4、严格田间管理控制。适宜的温度和湿度，避免栽培床内长期积水或干旱，这对于防止腐烂病的发生极为有效。