灵芝在人工培养过程中，培养基易出现杂菌污染，培养基的污染有时会高达50%，甚至更高；除了培养基易感染杂菌外，灵芝子实体有时也会出现杂菌污染。近期有栽培灵芝的网友咨询耕种帮：栽培灵芝过程中哪些因素会造成杂菌污染？灵芝栽培过程中出现污染怎么办？
1、灭菌不彻底而造成的污染：
在培养基灭菌过程中，由于没有严格按操作规程进行，或由于仪表失灵都可以使灭菌不彻底，造成培养基污染。由这个原因造成的污染，其特点是污染的百分率相当高，一般达80%~90%，造成污染的菌类以细菌为多数。根据污染的特点对造成污染的原因还只能作初步的判断，进一步的确证需要进行实验。取几只装有培养基的试管，用同样方法灭菌，灭菌后不接种，放入28℃培养箱培养，若几天后培养基上长出杂菌，则可断定污染是灭菌不彻底而造成的，若4~5天后培养基上未生长任何杂菌，说明灭菌过程无问题，污染是其他原因造成的。如果经过试验肯定污染是灭菌不彻底造成的，那就要从灭菌过程的操作仪器上找原因。对高压蒸气灭菌来说，操作中最易出现的问题是排放冷空气时间不够；灭菌箱中放得过于紧密（如相互堆在一起），使中间部分的气体流通不畅，灭菌时间不准确，压力表失灵。因此，应严格按操作规程进行操作。常压间歇灭菌首先应检查蒸煮的时间是否从水沸腾后开始计算。
2、灭菌后的操作过程造成的污染：
若通过空白培养基试验证明灭菌过程没有问题，那么污染的原因可能灭菌后操作过程中发生的。其中接种操作最容易发生污染，由于接种操作不按照无菌操作规程进行易造成大量污染。应严格按无菌操作规程进行操作。
3、灵芝子实体表面的污染：
在培养过程中，子实体表面有时感染一些霉菌，开始感染的部位不大，以后蔓延的面积越来越大。当培养条件不适宜，如培养基营养不良，温、湿度不够，或通气、光照不良，致使子实体不能在较好的环境条件下生长，发育受阻，抗病能力降低，易受真菌侵染。改进的方法是改善培养条件：更换培养基；改善培养温湿度、通气及光照条件，使其适宜灵芝生长发育的条件要求。另外，要严格检查菌种的质量，用无污染的优良菌种进行接种。