灵芝菌种分离和引进用于生产上，必须与原生产中所用的菌种进行比较鉴定，证明其生产性状、遗传性状和经济性状都优于原有菌种，方可扩大繁殖，投入生产。灵芝是以防病、治病为主要目的的，因此其有效活性成分含量的高低，则是鉴定菌种品质的重要指标。另外，其产量也是灵芝菌种优劣的重要指标。此外，采用工业化深层发酵的灵芝菌种必须具有适合于发酵生产、生长速度快、生产成本低、有效成分含量高、产量和得率高等优良品质。近期有网友咨询耕种帮：灵芝菌种鉴定方法有几种？灵芝菌种如何鉴定？
灵芝菌种鉴定方法
1、宏观目测法：灵芝菌种在特定的培养基上生长有其独特的形态特征。通过肉眼直接观察菌丝体在斜面培养基上的色泽、质地、菌落的形态特征、测定其生长速度，鉴定其生长是否正常，判断菌种是否可用。正常的灵芝菌丝，菌丝呈白色，棉絮状，生长均匀一致，日生长速度0.8厘米左右，属正常菌种；如果菌丝发黄，出现很多分泌物，说明菌种老化，不宜应用；如果肉眼观察在培养基上出现杂色、斑块说明菌种不纯有杂菌污染，应及时淘汰。
2、显微视察法：显微检测是借助显微镜等仪器对菌丝、孢子等进行观测以达到鉴定菌种的目的。镜检发现，灵芝菌丝分枝的角度也可以作为鉴定菌种质量优劣的指标之一。研究认为灵芝菌丝分枝角度大，菌丝之间接触机会多，营养物质易于交流，结实率高。反之，分枝角度小，菌丝相互交织融合的机会少，则结实率低。
另外，还可以通过镜检观察菌丝中结晶的多少，判断灵芝菌株的菌龄和培养时间。
3、化学分析法：通过各种化验分析、仪器测定的方法，判断菌种的质量。如活性有效成分的含量、呼吸强度、酶的活性等指标也可作为菌种鉴定的参考标准。
4、栽培试验检测
①培养的菌种。通过实际栽培，等到子实体发生时鉴定。
②形成子实体的快慢。灵芝子实体发育形成快，生长健壮作为优良菌种的一个指标。凡具备生命力强、分解培养基质快，使培养基质失重率高的菌株，可作为优良菌株。
③子实体形状。以灵芝子实体的色泽、厚薄等形态特征作为鉴定菌株的指标。
④菌种生长速度。灵芝菌丝布满全袋（瓶）的时间。以菌丝生长速度快，抗杂菌污染能力强，菌丝健壮，粗细均匀，生长整齐者为优良菌种。
⑤折干率。折干率高说明干物质的转化率高，灵芝子实体中含水量小，菌种是优良菌株。反之，折干率低，说明干物质的转化率低，子实体的含水量高。通过测定折干率可作为鉴定菌种优劣的参考指标。
⑥生产效率。生产效率即每百千克干的培养料，可以产生多少千克灵芝子实体，也称为生物学效率。生物学效率高的菌种为优良菌种。
另外，菌种的菌龄长短也决定菌种的质量。随着培养时间的延长，菌龄越长，老化越严重，最后失去生产能力。灵芝菌种以新鲜的好。一般菌种培养和贮藏以30~35天为宜，超过时间越长，产量越低。放置时间太长，培养基发生萎缩，渗出黄色水滴的菌种，不能用来进行生产。
所有指标的测定，必须是在满足灵芝生长发育环境条件下进行。另外，必须考虑经济指标，商品要求，经济效益。以上仅从几个方面简单地阐述了与灵芝菌种质量有关的鉴定方法。有些指标的鉴定方法还有待进一步完善。