传统灵芝药用部分仅限于灵芝的子实体，近年来随着灵芝孢子破壁技术的应用，灵芝的孢子也得到了开发利用。
灵芝在成熟时，由灵芝盖下喷出像烟雾状的极细粉末就是灵芝孢子粉。灵芝孢子在电镜下仅6微米，呈褐色，椭圆卵形，一端平截，由外而内结构依次为外膜、孢子壁及孢子内容物。孢子壁为双层壁，具有同心圆的层网结构，质地坚靭，由几丁质、纤维素、木质素等构成。灵芝孢子的这种特殊构造使灵芝孢子具有极强的牢固性，它是灵芝在长期的进化过程中形成的，以保护孢腔内物质的遗传特性。它不溶于水，且耐酸、碱、压力、温度，对消化酶也非常稳定，使得孢子内的有效成分被包裹，不易提取。只有打开这层外壁，有效成分才能最大限度地被人体利用吸收。实验证明，人体对破壁后灵芝孢子粉的吸收率较破壁前可提高45倍之多。
目前灵芝孢子粉破壁的技术有生物酶解法、化学法、物理法等，效果较好的、不破坏有效成分的是采用超低温物理破壁技术。