灵芝瓶栽从接种到子实体长出瓶口需要60～70天，从拔掉瓶塞到成熟采收，所需时间较长，极易发生绿霉菌污染。但将发满菌丝的瓶子埋在土中，改成覆土出芝，可以解决以上问题。
灵芝瓶栽覆土栽培步骤
1、挖坑：瓶栽覆土挖坑深度为20～25厘米，宽1米，长度视场地而定。当瓶子中的菌丝发至2／3时就能覆土，先把棉塞拔去，再将瓶子整齐地排入坑中。
2、覆土：选择黏性壤土，成粒状盖在瓶上。瓶与瓶之间用土填满，表层土厚2厘米左右，土壤中含水量为23％，土层铺平后洒水，然后盖塑料膜保湿。
3、出芝管理和采收：覆土后再搭遮荫棚，保持栽培场地的湿度。经常向土层表面洒水，然后盖上塑料膜保湿。土层疏松透气，持水性好，瓶内的菌丝生长很快，出芝时间要比瓶栽提前15～20天。当灵芝幼体出土时，立即揭去塑料膜，晴天多次洒水，晚上通风，加大温差，促使灵芝对营养的吸收积累。
瓶栽覆土出芝，其菌丝很少受霉菌污染，形成的灵芝个体圆整，单体较重，产量高，采收的灵芝商品性好，优于不覆土的灵芝品质。