组织分离法是用子实体的某一部分来分离菌种的一种方法。组织分离法简便，后代不易发生变异。组织分离最好采用正处于旺盛生长中的幼嫩子实体或菇蕾作为分离材料，采取菌盖与菌柄交接处的组织进行分离，效果最好，对于那些有内或外菌幕保护的菇类来说，取在菌幕保护下的幼嫩菌褶接种，生活力更加旺盛。近期有种植灵芝的网友咨询耕种帮：如何用组织分离法制备灵芝母种？用组织分离法制备灵芝母种需要注意什么？
用组织分离法制备灵芝母种要点
1、配制母种培养基：具体方法在前面已有讲述，在此不作赘述。经过灭菌的试管在接种之前，要进行无菌检查，即随机取出几支空白培养基试管在25℃的恒温下培养2～3天，斜面上没有杂菌发生，证明灭菌彻底。
2、种芝选择：用来进行组织分离的灵芝子实体，要选择出芝早、菌体粗壮、生长旺盛、具有本品种典型特性的个体。在灵芝发育到五六成熟时采收，此时灵芝菌盖刚开片，子实体呈现橘黄色，外观鲜嫩，色泽均匀，无病态及畸形等。
3、组织分离：把采回的种芝及时放入接种箱内，用甲醛熏蒸消毒，在接种箱内把种芝放入0.1％的升汞溶液中浸泡1～2分钟，取出后放入无菌水中清洗，用灭过菌的脱脂棉吸去表面水分，再用解剖刀把灵芝菌盖表层切去，在菌盖和菌柄连接部位切取绿豆粒大小的组织块，迅速接种在灭菌试管的斜面培养基上，并及时塞好棉塞。每个种芝可接8～10支试管。
4、恒温培养：接种组织块的试管置于25℃～28℃的恒温箱内培养。3～4天后，组织块上开始出现白色绒毛状菌丝，此时及时挑出不发菌丝或受到污染的试管，剩下的继续在恒温箱内培养，直至菌丝发满试管。然后挑选出菌丝洁白、生长势旺的试管，在无菌条件下再转入新的试管中，在25℃～27℃的温度下培养5～7天，菌丝发满，即得灵芝母种。最后挑出颜色均匀一致、菌丝长势旺盛的母种，用黑色纸包好放入冰箱，在0℃～4℃的低温下保存，以备扩大繁殖原种。