灵芝制种场所分两种，一种是农户以栽灵芝子实体为目的的菌种室；另一种是专门提供灵芝各级菌种的菌种场（厂）。
农户菌种室的设置
农户生产灵芝，一般是向菌种厂购进母种或原种，自行扩制栽培种用于生产。菌种扩制所需的场地、器材等就比较简单，一般可因地制宜，利用空房、旧房进行改造，也可因陋就简，利用廉价的材料进行搭建。菌种室主要分冷却间、接种间和培养间等。各间要求平整光洁，门窗既能通风、透光，又能密封、遮光和利于拖洗、消毒、通气、控温等。培养料的拌制、分装、灭菌及洗涤工作可在室外棚下进行。
菌种场（厂）的设置
菌种场（厂）担负着灵芝菌种的分离、选育、制作、保藏以及提供各级优良菌种的任务，应确保灵芝菌种的纯度和优良种性，并不断选育、分离适合当地的当家品种，因此对软件和硬件要求更高。
1、场地选择：选环境洁净、空气清新、水质优良、地势高燥、交通便利，有水、电供应，周围有一定空地并要求尽量远离加工厂、仓库、畜禽栏舍等区域建厂。
2、建筑要求：采用砖石混凝土建筑，也可因陋就简利用旧房改造。要求采光、通气、保温等方便，内墙、地面应平滑、光洁，同时备有水、电、气、冷等设施。
3、合理布局：布局应考虑生产程序和无菌操作特点进行安排。
①仓库原料、材料、药品、成品等应分类设库。
原料仓库：分主料、辅料。木屑、棉籽壳、蔗渣等主料可放在室内，也可在高燥空地搭棚堆放；麸、糖、石膏等辅料应放在密封、防霉、防虫、防鼠性能好的室内。
材料仓库：包括塑料薄膜、塑料袋、常用工具、器材、药品等，分门别类有序地排放于库房的物架上。瓶、罐等量大、易碎物品可在露天设置叠放处。
原料发尘量大，易滋生病虫害，库房应设在与生产间室既有一定独立性，又便于领料运作的位置。
成品仓库：成品这里是指培养妥的菌种。母种放置4~6度冰箱中保藏，原种、栽培种放在方便供应的室内，要求洁净、阴凉、干燥、黑暗。
②菌种生产车间：包括配料、灭菌、接种、培养等间、室。
配料灭菌间：配料、分装及灭菌一般放在同一间内。主要设施为拌料场地、瓶（袋）分装机、灭菌锅及水池、铁铲、扫把等工具。要求地面平整、光洁，不积水，室内明亮和通风排气好。
接种室：靠近灭菌处，体积宜小，密封性好，干燥、光亮、平滑、洁净度高。内设接种台、接种工具等，并设缓冲间、水池。若用接种箱或超净台接种，则不需设缓冲间。接种间旁尚需设冷却间或预备间。
培养间：紧接接种间。主要设施为培养架、加热控温设备、温湿度计、照明等，如有条件设单冷式窗式空调器。室内要求洁净、密封、可遮光（黑暗）及干燥等。
实验室：供分析、观察、镜检、鉴定、化验等。
菌种室：可与实验放在一起，也可设在附近，供菌种选育、分离、母种培养基配制、母种保藏及存放菌种档案等。
此外，尚需设办公、财会、接待等间，并设栽培场，供良种选育、品比、示范栽培等。