食用菌培养基的消毒与灭菌是两个不同的概念。消毒是通过物理或化学方法杀死或除去部分微生物，如病原微生物、微生物营养体等，而对于芽孢或孢子则不起作用，因此它是部分和表面的；而灭菌是通过物理或化学方法杀死或除去所有的微生物，因此它是全部和彻底的。近期有种植灵芝的网友咨询耕种帮：灵芝培养基如何用物理方法消毒？培养基物理消毒方法有几种？
灵芝培养基干热灭菌法
一般用于灭菌后保持干燥状态的物品。
1、灼烧灭菌：直接用火焰把微生物烧死，灭菌简便、彻底、迅速、可靠，但使用范围有限。常用于接种工具、试管口、瓶口、棉塞等。对于玻璃、瓷制品，灼烧前应充分干燥，以免炸裂。
2、干热空气灭菌：利用烘箱热空气进行烘烤灭菌，操作时逐渐升温至140~160℃，保持2~3小时即可达到灭菌目的。它具有速度快、方便，但仅适用于金属、玻璃器皿，不适用于培养基。
灵芝培养基湿热灭菌法
由于湿热蒸汽的穿透力强，因此灭菌效力高。
1、高压蒸汽灭菌：又称加压灭菌。它是根据蒸汽温度与蒸汽压力成正比，即压力升高，沸点也升高的原理进行灭菌。如采用压力0.103兆帕，温度121℃，保持30分钟即可杀灭液体培养基内所有营养菌体和芽孢。因此，可大大缩短灭菌时间，是一种最有效、用途最广的灭菌方法。在灵芝科研生产中，常以压力0.103兆帕保持30分钟对斜面培养基、无菌水、器皿、接种工具等进行灭菌；而体积大，热传导性能较差的木屑、麸糠、棉籽壳等培养基则需采用0.137兆帕保持1.5~2小时灭菌。
高压锅使用前除了认真阅读使用说明书外，还需注意以下问题。
①用前需加水：每次使用前首先向锅内加水，加入量以达水位标记为度。切忌空烧或加水不足，中途烧干而引起爆炸事故。
②正确叠放物料：放入锅内灭菌的培养基、物料等，叠放时需留缝隙，使蒸汽畅通，若叠放紧密，将阻碍蒸汽穿透，物料内外温度不均匀，造成“死角”，致使灭菌不彻底。
③排尽冷空气：加热灭菌时打开排气阀，使锅内冷空气排出，当水沸腾有大量蒸汽冲出时再关闭排气阀。若灭菌锅内留有冷空气，则它受热后很快膨胀，压力上升，使压力与温度产生差异，即压力高、温度低，形成假性蒸汽压，造成灭菌不彻底。
④灭菌后自然降压：灭菌结束后任其自然缓慢降温减压，若排气减压太快，锅内产生负压而瓶袋内压力瞬时大于锅内压力造成料袋鼓气膨胀拉薄、胀破，或棉塞沾污、脱落等情况发生。
⑤防止棉塞沾湿：灭菌时棉塞被冷凝水弄湿，则失去滤菌目的，同时导致霉菌滋生。为防止潮湿，棉塞应朝外或朝上，避免与锅壁接触而被周壁下流的冷凝水沾湿，也可在瓶口上包扎薄膜或套上小型塑料袋。
2、常压蒸汽灭菌：为生产中普遍应用的灭菌方式，如蒸笼、铁桶、土蒸灶、蒸汽炉等。灭菌时瓶、袋有序并留有一定间隙地排放在锅内栅格上，100℃保持8小时或更长时间灭菌。灭菌结束需待温度降至70℃以下才可打开，否则易引起料袋鼓气拉薄而报废。常压灭菌不足之处是灭菌时间长、消耗能源大、水易烧干或需经常加水等。
3、间歇灭菌：每次加热上气至100℃，保持1小时，然后保持一定温度（30~37℃）培养24小时，促使芽孢萌发成为营养细胞，再进行第二次蒸煮，如此共3次即可将微生物及芽孢全部杀死。
4、煮沸消毒：将器皿、物品放水中煮沸15分钟，微生物营养体可杀死，若水中加入2%~5%石炭酸也可杀死芽孢，若加入1%小苏打可提高水的沸点，加速芽孢死亡，并能防止金属器械因煮沸而生锈。
5、巴斯德消毒：也称巴斯效应或低温消毒。即60~70℃经过一定时间，杀死病原微生物和细菌的营养体。培养料堆制发酵，就是利用这一原理，杀死其中的有害微生物，但时间需更长。
灵芝培养基过滤灭菌法
利用滤材阻留作用除去微生物的方法。常用于空气过滤和某些加热易挥发或改变性质的液体除菌。食用菌机具设备中的空气净化器、发酵罐空气过滤；制种中的棉花塞、口罩等也是简单的空气过滤形式。
灵芝培养基紫外线灭菌法
其杀菌作用在于促使细胞质变性，致使菌体死亡。其次空气在紫外线的照射下，产生臭氧（〇3），也具有杀菌作用。杀菌作用最强为波长250~260纳米，市售紫外线灯管波长多以253.7纳米。各种微生物对紫外线的耐受力有区别，如真菌孢子对紫外线耐受力最强，细菌芽孢次之，最微弱的是微生物营养体。紫外线属低能量的电磁辐射，穿透力很差，因此它一般仅限于物体表面和空气杀菌。
耕种帮提醒灵芝培养基物理灭菌方法还有很多，诸如微波、高频电流、超声波、臭氧等灭菌。