根据菌种的生理、生化特性和遗传性的稳定性，人为地创造一个有利休眠的环境条件，将它的优良性状保存下来，以便以后重复应用。菌种保藏的基本原理是采取干燥、低温、冷冻、隔绝空气、缺乏营养以及应用保护剂或酸度中和剂等技术，使菌体的新陈代谢速度降低、停止繁殖和促使生命趋于休眠状态，延长保存时间，使之达到不死、不衰、不乱、不杂的目的。近期有种植灵芝的网友咨询耕种帮：灵芝菌种如何保藏？灵芝菌种保藏方法有几种？灵芝菌种保藏适宜的温度是多少度？灵芝菌种保藏时需要注意什么？
灵芝菌种低温斜面保藏法
即冰箱试管法，它是根据低温能抑制菌丝生长的原理，将斜面菌种存放在4~6℃冰箱中，需要时将其移接至新鲜斜面上，经培养后再放入冰箱中，这种周而复始的保存方法，属于继代保藏法范畴。
采用糯米粉糖琼脂培养基或马铃薯综合培养基，为防止产酸，糖应少加或不加，而需添加碳酸钙等缓冲剂。同时，每升培养基中还需加10毫克维生素B1，琼脂用量增加至2.5%。棉塞深入管内3厘米左右，要求紧实，灭菌后制成半高层斜面。
斜面置30℃左右下培养2~3天作空白试验，确认无菌后，接入灵芝菌种1小块，放入25℃左右稍低的温度下培养，使菌丝生长健壮丰满，菌丝长满斜面，包扎后放入4~6℃冰箱中保藏，并做好菌名、培养基、日期、存放方位等记录，以后每3~4个月转管1次。
保藏过程中，冰箱相对湿度保持在40%~50%，做到尽量少启用冰箱，以免产生冷凝水而引起污染，必须启用时应做到边开、边取、边关，力争短暂、快速。
灵芝菌种隔绝空气保藏法
常采用矿油、橡皮塞密封斜面，减少水分蒸发，防止培养基干涸，避免菌丝死亡，同时在隔绝空气和缺氧下，降低了菌丝代谢，抑制其生长繁殖，达到保藏目的。
选用化学纯液体石蜡100毫升，装入250毫升锥形瓶或盐水瓶内，加棉塞，0.103兆帕灭菌30~60分钟，然后放入160℃烘箱内烘1~2小时或40℃温箱中3天，见瓶内液体石蜡澄清透明、液层无白色膜状物，即无水分即可。然后在无菌条件下将液体石蜡倾注入试管斜面菌种上，并高出斜面顶端1厘米左右。最后直立放在洁净的室温下保藏。
转管时直接用接种刀切取1小块菌苔，移至新鲜斜面中央，28℃下培养，多余的菌种仍在原液体石蜡中保藏。因经保藏的菌丝中有石蜡，生长较慢而弱，需再继代转接1次方可使用。
注意保藏场所应干燥，防止棉塞受潮发霉；凡斜面暴露出液面，应及时补加液体石蜡。此法保藏时间可达1年以上，效果较好。
灵芝菌种液体保藏法
1、生理盐水保藏：称取医用氯化钠0.7~0.9克，放入100毫升蒸馏水中，充分搅匀，分装入试管，每管5毫升，加棉塞，灭菌。将液体培养的菌丝球或片状物，用无菌滴管吸取移入试管内，每管5个（片）左右，换上无菌橡皮塞，置室温或4~6℃冰箱内保藏。本方法可存活1.5年以上。
2、蒸馏水保藏：这是保存斜面菌种和孢子最简便的方法，可存放1年以上。操作方法是，在锥形瓶或盐水瓶内装入容量1/3左右的蒸馏水，加棉塞，灭菌、冷却后，在无菌条件下，将蒸馏水注入需保藏的新鲜斜面菌种内，加水量高出斜面顶端1~2厘米，更换上无菌橡皮塞。若保藏孢子，事先在试管内加入管长1/5~1/3的蒸馏水，加棉塞灭菌、冷却，然后将孢子铲入试管蒸馏水内，摇匀并换上无菌橡皮塞。
上述两种方法制备后，直立放在室温下或4~6℃冰箱内保藏，中途配置补充无菌生理盐水和蒸馏水。使用时，从管内挑取菌种块或蘸取孢子悬液，移至新斜面上，原管加塞后继续保藏。
灵芝菌种天然基质保藏法
此法取材容易、制作简单、邮寄携带方便、效果较好，因此生产实践中常被采用。
1、木屑保藏：采用木屑麸糠培养基，分装入23厘米X200毫米粗试管内（一般试管也可用），装量约管长的2/3，加棉塞0.137兆帕保持1.5小时高压灭菌。无菌条件下接种，28℃培养，菌丝长满管后，更换无菌橡皮塞，置4~6℃冰箱中保藏。使用时挑取少许基质，移至新鲜斜面上，28℃下培养即可。
2、甘草保藏：向中药店选购粗壮的甘草数根，放清水内浸胀，对角纵剖成两个斜面，分装入相应粗细的试管内，加棉花塞0.137兆帕保持1.5小时灭菌。无菌条件下，将需保藏的灵芝菌种移接1小块置甘草斜面上，28℃下培养，菌丝长满后，应继续培养1周，更换无菌橡皮塞，置4~6℃冰箱内保藏。使用时，直接从斜面上挑取菌丝移接。也可将斜面切削成薄片移接。
除此，常用的尚有真空冷冻干燥、液氮超低温保藏等，它们是当前最先进的菌种保藏方法，但工序繁复，需一定的仪器设备，这里不一一介绍。至于利用滤纸、沙土管干燥保藏孢子，基于灵芝孢子萌发率不很高，同时随时间延长萌发率更低，除上面液体保藏作简要介绍外，这里也不另赘述。